2月18日，國務院發佈《粵港澳大灣區發展規劃綱要》。根據規劃，粵港澳大灣區的建設目標是打造國際一流灣區和世界級城市群，而實現這個戰略目標的關鍵就在於如何在“一個國家、兩種制度、三個關稅區”的情況下推進珠三角九市、香港和澳門三大區域的稅收協調合作。
近年來，稅收合作在推動粵港澳區域合作、促進區域協調發展和經濟增長方面承擔了日益重要的使命。2017年，廣東省已通過開展稅收合作，為符合協定待遇條件的香港、澳門企業分別減免稅款近35億元、1500萬元，有效優化了粵港澳大灣區的營商環境，釋放了經濟發展新動能。因此，粵港澳大灣區建設的推進，需要進一步發揮稅收服務經濟職能作用，以稅收合作為紐帶推進粵港澳大灣區開展更深層次交流合作、實施更高層面協調發展、形成更強發展合力。
在“一個國家、兩種制度、三個關稅區”背景下，粵港澳三地稅收制度及稅負水準差異明顯。若按稅收總額與國內生產總值的比值衡量稅收負擔，珠三角九市2017年的稅負為21.6%；香港2017財年的稅負為13.1%；扣除博彩業增加值及博彩專營稅後，澳門2016年的稅負為6.4%，不扣除則為25.8%。稅負水準的差異將直接影響粵港澳大灣區生產要素的流動。
以個人所得稅稅負為例，港澳居民任何12個月內於珠三角工作或停留超過183天，就需按照內地的個人所得稅法繳納稅款。從徵稅範圍看，珠三角九市個人所得稅徵稅面更廣，同時行使居民稅收管轄權與來源地稅收管轄權，對居民來自于境內外的全部收入和非居民來自于境內的收入均徵收個人所得稅；而香港和澳門均行使單一來源地稅收管轄權，只對來自於香港或澳門的收入徵收個人所得稅。
從起征點看，港澳的起征點遠高於珠三角九市，珠三角九市個稅起征點為5000元/月；澳門個稅起征點為144000澳門元/年；香港個稅則按已婚、子女、供養父母等設置了不同的免稅額，例如已婚人士免稅額為264000港元/年。
珠三角個人所得稅稅負大幅高於港澳地區，致使港澳居民不願在珠三角工作較長時間，影響了粵港澳大灣區人才尤其是高素質人才流動。因此，粵港澳大灣區需要通過稅收合作，降低稅負差異對人才就業、企業創業等活動的影響，促進人才在粵港澳大灣區的高效流動和優化配置。
針對留人才的具體措施包括：發放個人所得稅稅額補貼，增加專項扣除，完善納稅人收入資訊交換機制等。
1月份，廣東省政府發佈2019年“一號文”《關於進一步促進科技創新若干政策措施》，措施提出將減輕在粵工作的港澳人才和外籍高層次人才內地工資薪金所得稅稅負，珠三角九市可按內地與境外個人所得稅稅負差額給予補貼。
除了採用財政手段發放港澳人才稅額補貼，增加專項扣除的方式以外，大灣區還須完善納稅人收入資訊交換機制。這一機制可借鑒歐盟區 “儲蓄利息稅指令”和“行政合作指令”的具體做法，不斷完善納稅人收入資訊交換機制，定期自動交換跨境納稅人的基本資訊、儲蓄利息、工資薪金等涉稅資訊，以強化大灣區內個人所得稅的征管。
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