羅伯特·科赫研究所雖然名為研究所，但其實為德國疾控機構，屬於德國聯邦衛生部，名稱來源於德國微生物學家、細菌學鼻祖羅伯特·科赫。在此次新冠疫情中，德國保持遠低於其他歐洲國家病亡率的成績，與多方面因素相關，其中準備充分、反應較為迅速、決策科學依據充分、各方協調配合，這些都與羅伯特·科赫研究所的工作分不開。
總體上看，該機構在此次疫情中扮演著"總參謀長"的角色，主要工作包括制定指導檔；對資料進行匯總、分析並發佈新聞；協調其牽頭的全國7所傳染病治療中心；組織科學研究，以更加準確掌握疫情發展形勢。
羅伯特·科赫研究所並沒有下達行政命令的權力，主要通過發佈指導意見為醫療機構和社會各界提供公共衛生建議和規範。
新冠疫情在中國暴發後，該機構1月份便公佈了各項指導意見，例如新冠病例診斷、報告、轉診的病例定義，疑似病例管理指導意見，接觸者管理指導意見，等等。德國衛生部長延斯·施潘在介紹德國抗疫經驗時說道，早檢測是德國在早期保持低病亡率的原因。這與羅伯特·科赫研究所很早公佈病例定義分不開，有了詳盡的病例定義，醫生才能對患者進行有效分診。
2月底新冠疫情在德國全面暴發後，羅伯特·科赫研究所每日在其官網上公佈全國確診病例數、死亡病例數等資料，這些資料由各聯邦州衛生部上報。研究所對匯總資料進行分析後，形成每日的新冠疫情形勢報告。從這份報告中人們可以直觀地看到新冠患者、死亡者的人數、年齡、地域分佈等。此外還有臨床資料分析，例如各項主要症狀在確診患者中出現的比例、當前住院人數、當前基本傳染數的估計、醫護人員感染情況。這份報告還顯示由德國重症監護和急診醫學跨學科協會領銜的重症床位數統計，包括當日已佔用和剩餘數，重症監護室死亡病例數、治癒病例數等。
羅伯特·科赫研究所發佈的資訊中一項重要內容是風險評估。此次疫情中該機構在不同時間節點就新冠病毒對德國人口健康風險做出評估。從疫情之初的低風險調整為"中等偏低風險"，3月2日從"中等偏低風險"調整至"中等風險"，3月17日從"中等風險"調整至"高風險"，3月26日進一步調整為"高風險，以及對脆弱人群風險很高"。
從疫情開始，羅伯特·科赫研究所定期召開新聞發佈會，該所對於疫情嚴重程度的判斷被媒體廣泛報導，提供的基本傳染數也成為解封的重要依據。
德國有一套既有架構應對突發疫情，這就是德國"嚴重傳染疾病能力與治療中心"常設工作組(STAKOB)，包括分散在全國7家大型醫院的傳染病治療中心，以及8個主要市、州級衛生行政部門作為"能力中心"，由羅伯特·科赫研究所牽頭。傳染病病例首先在7家治療中心收治。
平時，7家治療中心會收到羅伯特·科赫研究所關於全球傳染病的即時訊息，當有疫情發生時，這7家治療中心會比其他醫院更早獲得關於新發傳染病的預警。今年1月初，7家STAKOB治療中心便接到羅伯特·科赫研究所關於新冠疫情的監測資訊。研究所定期組織7家治療中心開會，交流新冠確診病例的診療資訊，使尚沒收治確診病例的醫院也能瞭解病例情況，共同探討治療方法。
新冠疫情期間，研究所還牽頭組織了新冠抗體研究和相關手機應用的研發，旨在從不同管道獲取更多資訊，更加準確判斷德國疫情形勢。
4月10日該機構宣佈將與其他機構合作，在德國開展三項規模不一的新冠病毒抗體檢測研究專案，以更加準確地評估新冠疫情的嚴重性，以及當前防控措施的有效性。
羅伯特·科赫研究所4月7日推出其參與開發的名為"新冠數據捐獻"的應用軟體，使用者可將運動手環或智慧手錶監測到的健康資料上載到該軟體，相關機構可通過這些資料評估疫情在德發展情況。據介紹，這一軟體並不是以追蹤接觸者為目的，而是為研究者提供官方報告資料之外的另一資料來源，有助於相關機構判斷感染率、疫情擴散情況和防疫措施有效性。
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